أبدى قادة سياسيون من أحزاب المؤتمر السوداني، الأمة بزعامة مبارك الفاضل، البعث العربي الاشتراكي الأصل، شكوكاً في إمكانية خروج الجيش من العملية السياسية، نزولاً عند نصوص الاتفاق السياسي الإطاري بين الجيش وقوى الإعلان السياسي.
وأقر نائب رئيس المؤتمر السوداني، مستور أحمد، في برنامج (حديث الناس) على قناة النيل الأزرق، بأن خروج المؤسسة العسكرية من المشهد السياسي، يمثل تحدٍ حقيقي.
ورداً على أحاديث قائد الجيش، عبد الفتاح البرهان، عن رفضهم لمشاركة المدنيين في عمليات إصلاح وهيكلة القوات المسلحة، قال مستور، إن الحديث يقرأ كرسالة طمأنة يحتوي على رسائل سياسية موجهة للجيش.
وأضاف: “هنالك مدنيين منتسبين لجهات وأحزاب مدخلين يدهم في الجيش، ويجب إخراجهم، ولا بد من الإصلاح الكامل للمؤسسة العسكرية والأمنية كون التحول الديمقراطي لا يتم بدون إصلاح موسسات الدولة”.
من جانبه، قال رئيس حزب البعث العربي الاشتراكي الأصل، عثمان أبو رأس، إن مسألة هيكلة الأجهزة الأمنية والعدلية والعسكرية لن تحقق والبرهان على رأس الجيش، بإسناد من فلول نظام المعزول البشير.
 بدوره، قال القيادي بحزب الأمة، فتحي مادبو بأنه لا يوجد في الاتفاق السياسي الإطاري ما يحمل على أن العسكر ملتزمون بأن يكونوا خارج العملية السياسية. وأضاف: “ما في عسكري بخرج من العملية السياسية ويبقى تحت القرار المدني بدون انتخابات”.